Tema-tema yang diusung oleh akuarium ini adalah Teluk Sagami dan Samudra Pasifik, beragam makhluk hidup yang menghuninya, serta keterkaitan antar makhluk hidup. Para pengunjung dapat bersenang-senang di akuarium sambil belajar tentang laut dan lingkungannya.

Begitu memasuki Akuarium Enoshima, pengunjung akan disuguhi pameran yang berfokus pada Teluk Sagami, dilanjutkan dengan pameran tentang laut dalam, ubur-ubur, dan hewan laut. Akuarium ini juga menyajikan berbagai penjelasan, pertunjukan, dan program yang memungkinkan pengunjung berinteraksi dengan makhluk laut. Para pengunjung didorong untuk merasakan “kejutan dan kegembiraan” serta “penyembuhan” melalui kegiatan-kegiatan ini. Selain itu, pameran musiman yang menarik serta acara-acara sementara juga diselenggarakan.