Tempat di mana Catacomb of San Sebastiano berdiri pada zaman dahulu merupakan sebuah cekungan yang dalam, digunakan sebagai tambang pozzolana dan disebut ad catacumbas (atau “dekat rongga”), sebuah nama yang telah menjadi identik dengan pemakaman bawah tanah.

Sejak abad pertama, situs ini telah dieksploitasi dan dibangun secara intensif: galeri bawah tanah digunakan kembali untuk mendapatkan ceruk pemakaman, di permukaan, bagaimanapun, beberapa columbaria dibangun dan setidaknya dua sistem hunian (yang disebut vila kecil dan vila besar) yang dilengkapi dengan dekorasi dinding bergambar yang luar biasa.

Sekitar pertengahan abad kedua, dasar lembah ditimbun untuk membuat sebuah lapangan, di salah satu sisinya dibangun tiga mausoleum secara berurutan (oleh Clodius Hermes, oleh Innocentiores, oleh Axe).

Penguburan lebih lanjut dari area tersebut dilakukan untuk memberikan ruang bagi pembangunan triclia, sebuah serambi yang dibatasi oleh dinding dengan banyak grafiti yang ditujukan kepada SS. Petrus dan Paulus, yang dihormati bersama di tempat ini sekitar tahun 250.

Di situs tersebut, Kaisar Konstantinus (306-337) memiliki sebuah basilika berbentuk sirkus Romawi (disebut “circiforme”).

Sementara itu, pada abad ketiga, katakombe yang menjadi tempat makam para martir Sebastian dan Eutichio mulai berkembang di bawah tanah.