Mengetahui cuaca sebelum berangkat akan membuat perjalanan Anda mengelilingi Pulau Bunaken lebih santai dan menyenangkan, khususnya jika Anda ingin menjelajahi banyak tempat. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara September dan Oktober dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Februari dan Maret dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Pulau Bunaken ada pada bulan Januari, Mei, Desember, dan November, dengan rata-rata per bulan 325 cm curah hujan.