Mengetahui cuaca sebelum berangkat akan membuat perjalanan Anda mengelilingi Pupuan lebih santai dan menyenangkan, khususnya jika Anda ingin menjelajahi banyak tempat. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Oktober dan November dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Pupuan ada pada bulan Desember, November, April, dan Januari, dengan rata-rata per bulan 380 cm curah hujan.