Cuaca bisa jadi faktor utama saat Anda merencanakan liburan ke Canoa Quebrada, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara September dan Oktober dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Juli dan Agustus dengan suhu rata-rata 27°C. Curah hujan terbesar di Canoa Quebrada ada pada bulan Maret, April, Februari, dan Mei, dengan rata-rata per bulan 180 cm curah hujan.
