Cuaca memiliki peranan penting saat Anda merencanakan liburan ke Capurganá, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Februari dan April dengan suhu rata-rata 26°C, sementara periode terdingin antara Oktober dan November dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Capurganá ada pada bulan Agustus, Mei, Juli, dan Oktober, dengan rata-rata per bulan 354 cm curah hujan.