Cuaca bisa jadi faktor utama saat Anda merencanakan liburan ke Humahuaca, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Januari dan Desember dengan suhu rata-rata 22°C, sementara periode terdingin antara Juli dan Juni dengan suhu rata-rata 14°C. Curah hujan terbesar di Humahuaca ada pada bulan Februari, Januari, Desember, dan Maret, dengan rata-rata per bulan 252 cm curah hujan.