Cuaca memiliki peranan penting saat Anda merencanakan liburan ke Mae Hong Son, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara April dan Maret dengan suhu rata-rata 25°C, sementara periode terdingin antara Januari dan Februari dengan suhu rata-rata 20°C. Curah hujan terbesar di Mae Hong Son ada pada bulan Agustus, Juli, September, dan Juni, dengan rata-rata per bulan 286 cm curah hujan.