Cuaca memiliki peranan penting saat Anda merencanakan liburan ke Mambajao, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Mei dan April dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Februari dan Januari dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Mambajao ada pada bulan Januari, Juni, Juli, dan Mei, dengan rata-rata per bulan 352 cm curah hujan.