Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara September dan Oktober dengan suhu rata-rata 29°C, sementara periode terdingin antara Juli dan Juni dengan suhu rata-rata 23°C. Curah hujan terbesar di Municipio Puerto Quijarro ada pada bulan Januari, Februari, Maret, dan Desember, dengan rata-rata per bulan 185 cm curah hujan.