Cuaca memiliki peranan penting saat Anda merencanakan liburan ke Nakagomi, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 20°C, sementara periode terdingin antara Januari dan Februari dengan suhu rata-rata 0°C. Curah hujan terbesar di Nakagomi ada pada bulan Juli, Agustus, September, dan Juni, dengan rata-rata per bulan 266 cm curah hujan.