Cuaca hanya merupakan satu faktor, namun itu dapat memengaruhi rencana liburan Anda, khususnya saat Anda berencana untuk tinggal lebih lama di Santo Tomé. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Januari dan Februari dengan suhu rata-rata 26°C, sementara periode terdingin antara Juli dan Juni dengan suhu rata-rata 16°C. Curah hujan terbesar di Santo Tomé ada pada bulan Oktober, November, Maret, dan Januari, dengan rata-rata per bulan 208 cm curah hujan.