Cuaca bisa jadi faktor utama saat Anda merencanakan liburan ke Sumenep, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Oktober dan November dengan suhu rata-rata 28°C, sementara periode terdingin antara Juli dan Agustus dengan suhu rata-rata 27°C. Curah hujan terbesar di Sumenep ada pada bulan Januari, Desember, Februari, dan Maret, dengan rata-rata per bulan 305 cm curah hujan.