Cuaca bisa jadi faktor utama saat Anda merencanakan liburan ke Wamena, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Mei dan Oktober dengan suhu rata-rata 16°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 15°C. Curah hujan terbesar di Wamena ada pada bulan Maret, April, Februari, dan Januari, dengan rata-rata per bulan 683 cm curah hujan.