Cuaca bisa jadi faktor utama saat Anda merencanakan liburan ke Halmahera, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Oktober dan Mei dengan suhu rata-rata 28°C, sementara periode terdingin antara Juli dan Agustus dengan suhu rata-rata 27°C. Curah hujan terbesar di Halmahera ada pada bulan Mei, Juni, Januari, dan Desember, dengan rata-rata per bulan 288 cm curah hujan.
