Cuaca memiliki peranan penting saat Anda merencanakan liburan ke Jayapura, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Oktober dan November dengan suhu rata-rata 26°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 25°C. Curah hujan terbesar di Jayapura ada pada bulan Desember, Maret, April, dan November, dengan rata-rata per bulan 382 cm curah hujan.