Cuaca memiliki peranan penting saat Anda merencanakan liburan ke Merauke, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara November dan Desember dengan suhu rata-rata 28°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Merauke ada pada bulan Maret, Januari, Februari, dan April, dengan rata-rata per bulan 328 cm curah hujan.