Mengetahui cuaca di Puerto Quijarro akan membantu Anda menikmati liburan dengan persiapan matang. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara September dan Oktober dengan suhu rata-rata 28°C, sementara periode terdingin antara Juli dan Juni dengan suhu rata-rata 23°C. Curah hujan terbesar di Puerto Quijarro ada pada bulan Januari, Februari, Desember, dan Maret, dengan rata-rata per bulan 186 cm curah hujan.
