Cuaca bisa jadi faktor utama saat Anda merencanakan liburan ke Pulau Nusalaut, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Januari dan Desember dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan September dengan suhu rata-rata 25°C. Curah hujan terbesar di Pulau Nusalaut ada pada bulan Maret, Mei, Juli, dan April, dengan rata-rata per bulan 346 cm curah hujan.
