Cuaca memiliki peranan penting saat Anda merencanakan liburan ke Pulau Tolandona, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara November dan Oktober dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan September dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Pulau Tolandona ada pada bulan Februari, Maret, Desember, dan Januari, dengan rata-rata per bulan 349 cm curah hujan.