Cuaca bisa jadi faktor utama saat Anda merencanakan liburan ke Waingapu, dan perlu diingat bahwa opsi yang lebih murah biasanya tersedia saat cuaca sedang tidak bagus. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara November dan Oktober dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Waingapu ada pada bulan Januari, Februari, Maret, dan Desember, dengan rata-rata per bulan 266 cm curah hujan.