Mengetahui cuaca sebelum berangkat akan membuat perjalanan Anda mengelilingi Meganisi lebih santai dan menyenangkan, khususnya jika Anda ingin menjelajahi banyak tempat. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 25°C, sementara periode terdingin antara Januari dan Februari dengan suhu rata-rata 12°C. Curah hujan terbesar di Meganisi ada pada bulan November, Desember, Januari, dan Oktober, dengan rata-rata per bulan 191 cm curah hujan.