Mengetahui cuaca sebelum berangkat akan membuat perjalanan Anda mengelilingi Merauke lebih santai dan menyenangkan, khususnya jika Anda ingin menjelajahi banyak tempat. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara November dan Desember dengan suhu rata-rata 28°C, sementara periode terdingin antara Agustus dan Juli dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Merauke ada pada bulan Maret, Januari, Februari, dan April, dengan rata-rata per bulan 328 cm curah hujan.
