Mengetahui cuaca sebelum berangkat akan membuat perjalanan Anda mengelilingi Nunukan lebih santai dan menyenangkan, khususnya jika Anda ingin menjelajahi banyak tempat. Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara April dan Mei dengan suhu rata-rata 27°C, sementara periode terdingin antara Februari dan Juli dengan suhu rata-rata 26°C. Bulan bersalju di Nunukan jatuh pada Mei, April, Januari, dan Februari, dengan rata-rata per bulan sekitar 64 cm ketebalan salju.